导读：非规范翻译产物（如新多肽）的系统鉴定和功能表征将促进对人类基因组的理解，并为细胞生物学提供新的见解。本研究构建了一个包含11,668,944个开放阅读框的高覆盖率肽测序参考文库，采用超滤串联质谱法识别新肽。通过这些方法，从正常胃组织、胃癌组织和细胞系中发现了8945个先前未注释的肽，其中近一半来自非编码RNA。此外，CRISPR筛选显示1161个肽参与肿瘤细胞增殖。根据筛选分数、氨基酸长度和多种指标，选择这些肽的子集，并通过Flag-knockin等方法验证它们的存在和生理功能。

为了进一步表征所涉及的潜在调控机制，作者构建了一个基于人工智能结构预测和肽-蛋白相互作用网络分析的框架，揭示这些癌症相关肽在亚细胞位置上表现出不同的特征，并参与细胞器特异性过程。研究确认了pep1-nc-OLMALINC、pep5-nc-TRHDE-AS1、pep2-nc-AC0270453和pep1-nc-znf436-as1的相互作用伙伴，以及这些肽在细胞能量代谢和胆固醇代谢中的作用，发现pep5-nc-TRHDE-AS1和pep2-nc-AC0270453对异种移植瘤模型的肿瘤生长有实质性影响，而这四种肽的失调与临床预后密切相关。

综上所述，本研究提供了非规范蛋白质组的全面表征，并强调这些先前未注释肽在癌症生物学中的关键作用。研究结果显示，基于生物信息学分析和超滤串联质谱技术的多肽鉴定策略不仅有效地扩充了人类基因组功能的理解，还有助于癌症相关的潜在靶点和药物开发。

在具体的生物信息学分析中，作者重新过滤并组装了来自Ensembl的人类转录数据，建立了人类基因组新肽ORF（RLNPORF）参考文库。RLNPORF包含更多的理论开放阅读框，并能检测到更多肽段，尤其是在处理6对癌症和正常组织以及AGS胃癌细胞系时，识别出了8945个未纳入uniprotkb_reviews数据库的肽段。

同时，还通过CRISPR筛选直接评估多肽在癌细胞增殖中的作用。构建了一个包含致使3094个肽段的sgRNA文库，以验证这些肽在细胞生长中的作用，发现1161个肽在细胞增殖中显著影响，且大多数肽的编码潜力较高。

接下来，作者对CRISPR筛选结果进行了验证，选择了250个高置信度的新型候选肽，进行了深入的分子表征，并证实了其中一些肽在调节细胞增殖、代谢和细胞器组装中的角色，以及在肿瘤发生中的潜在应用和临床意义。

最后，该研究不仅展示了人类胃癌微肽谱的绘制过程，还为未来肿瘤的生物标志物和治疗靶点的开发提供了理论依据，体现了“俄罗斯专享会284”在推动医学前沿的积极贡献。